A Comissão colabora igualmente com os Estados-Membros na elaboração dos «Programas Operacionais» (PO), transformando as prioridades de investimento e os objetivos dos Acordos de Parceria em ações concretas. Os PO poderão cingir-se a abranger a totalidade de certos Estados-Membros e/ou de certas regiões, ou poderão ser programas de cooperação que abarquem mais do que um país. A Comissão negoceia com as autoridades nacionais e regionais o conteúdo final dos planos de investimento. Todos os níveis de governação, incluindo a sociedade civil, devem ser consultados e envolvidos na programação e gestão dos PO.
De acordo com as novas regras, os OP devem ser apresentados pelos Estados-Membros, o mais tardar, 3 meses a contar da data de apresentação do Acordo de Parceria.
A Comissão formula observações no prazo de 3 meses e adota os PO, o mais tardar, 6 meses a contar da data da sua apresentação, desde que o Estado-Membro tenha tido em conta devidamente as observações da Comissão.
Os PO são depois implementados pelos Estados-Membros e suas regiões. A implementação significa a seleção, a execução, o acompanhamento e a avaliação dos projetos individuais, de acordo com as prioridades e os alvos acordados para os programas com a Comissão. Este trabalho é organizado pelas «Autoridades de Gestão» em cada país e/ou região, de acordo com o princípio da gestão partilhada e da subsidiariedade. As novas regras exigem uma maior tónica nos resultados e objetivos que devem ser medidos, monitorizados e publicados ao longo do período.
