A cooperação inter-regional, conhecida como Interreg C, procura melhorar a eficácia das políticas de desenvolvimento regional e contribuir para a modernização económica e o aumento da competitividade na Europa. Estabelece um quadro para a cooperação entre intervenientes regionais e locais da UE-27, bem como da Noruega e Suíça. Os programas são parcialmente financiados pelo FEDER no âmbito da vertente de cooperação inter-regional do objetivo de Cooperação Territorial Europeia:

• INTERREG EUROPE - apoio e intercâmbio de boas práticas e aprendizagem política entre regiões europeias;
• Interact - apoio e intercâmbio de boas práticas entre as autoridades responsáveis pela aplicação dos programas de cooperação;
• URBACT - criação e apoio de redes urbanas e desenvolvimento urbano;
• ESPON - observatório em rede de ordenamento territorial.